Mazur Ełk był w przeszłości klubem wielosekcyjnym. W różnych okresach działały sekcje: koszykarska męska, lekkoatletyczna, siatkarska męska, tenisa stołowego, szermierki, wioślarska. Dziś jako odrębne podmioty funkcjonują jedynie dwie sekcje: piłkarska jako MKS Mazur Ełk oraz bokserska jako MKB Mazur Ełk.
Priorytetowe cele, jakie Zarząd Klubu sobie postawił to m.in.: stabilizacja sytuacji finansowej, budowanie nowej marki, kreowanie pozytywnego wizerunku Klubu wśród lokalnej społeczności, liczne działania marketingowe, pozyskiwanie nowych sponsorów, a przede wszystkim poprzez aspekt sportowy, a więc w niedługim czasie awans do II ligi, odnowienie kontaktów z kibicami i sympatykami piłki nożnej oraz zapełnienie Stadionu Miejskiego w Ełku.